Фамилия Панфутоваа — редкий случай, когда написание само подсказывает путь к разгадке. Двойная «а» на конце сразу выдает, что перед нами нестандартная запись. Вероятнее всего, это результат ошибки переписчика или поздней фиксации: каноническая форма фамилии должна быть Панфутова. Такое удвоение гласной встречается в документах XIX — начала XX века, когда фамилии записывали на слух, без строгих правил, и человек, подававший сведения, мог машинально повторить последнюю букву.

Основа фамилии — мужское имя Панфут, народная форма канонического имени Панфил или Памфил (от греческого «панфилос» — «всеми любимый»). В русской традиции имя Панфил упрощалось до Панфут, Панфий, Панфуша. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Панфутов — «сын Панфута». Фамилия образована по самой распространенной в России модели и не несет сословной окраски: её могли получить и крестьяне, и мещане, и духовенство.

Географически фамилия Панфутов (без удвоения) встречается в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Костромской и Архангельской областях. Там имя Панфил было популярно в старообрядческой среде, где держались старых святцев. Двойное «аа» в окончании — скорее случайность отдельной записи, чем региональная особенность, но если искать носителей с таким написанием, то их единицы, и все они, скорее всего, потомки одной семьи, чью фамилию когда-то исказили в метрической книге.

Таким образом, фамилия Панфутоваа — это не самостоятельное образование, а графический вариант фамилии Панфутова. Её носители — потомки человека по имени Панфут, которого в миру звали Памфилом, а предки их, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми из северных губерний.