Фамилия Панфутова образована от просторечной формы мужского имени Памфил — Панфут. Само имя пришло из греческого языка и переводится как «всеми любимый» — от слов «пан» (всё) и «филео» (любить). В церковном календаре это имя связано со святым мучеником Памфилом, который жил на рубеже III–IV веков. Памфил был не только христианским подвижником, но и известным учёным: он основал в Кесарии Палестинской школу и библиотеку, собравшую около 30 тысяч томов. За отказ принести жертву языческим богам его казнили, а память о нём сохранилась в святцах.

Имя Памфил в народной среде звучало тяжеловато для повседневной речи, поэтому его переделывали на более привычный лад. Так появились варианты Панфил, Панфий, а затем и Панфут. Подобные сокращения и переделки имён — обычное дело в русской традиции: так же из Елевферия получался Олфер, а из Иоанна — Иван. Форма Панфут закрепилась в прозвище, а от него через суффикс -ов/-а образовалась фамилия: Панфутов, а для женщин — Панфутова.

Разбирая словообразовательную модель, видим типичный для русских фамилий путь: личное имя → его разговорная форма → притяжательное прилагательное с суффиксом -ов. Первоначально фамилия отвечала на вопрос «чей?»: Панфутова — значит «дочь или жена Панфута». Со временем связь с личным именем стёрлась, и фамилия зажила самостоятельной жизнью.

Встречаются и родственные фамилии, образованные от тех же корней: Панфилов, Памфилов, Панфёров. Они указывают на разные ветви одного имени, но именно Панфутова сохранила самую редкую и архаичную форму основы. Носительница такой фамилии может считать, что её предок носил имя, восходящее к раннехристианской эпохе, и, возможно, был человеком книжным или духовного звания — ведь имя Памфил в старину чаще давали в семьях, близких к церковной среде.

Точных сведений о географии распространения фамилии Панфутова в открытых источниках мало, но по модели образования она относится к северорусскому и среднерусскому типу, где преобладали фамилии на -ов/-ев. Встречается она и в форме Панфутов, что подтверждает её происхождение от мужского прозвища.