Фамилия Панифодова — женская форма мужской фамилии Панифодов. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Панифод, которое, скорее всего, является народной переделкой греческого имени Панфил (Πάμφιλος), означающего «всеми любимый» или «всеобщий друг». В русской среде это имя подверглось упрощению: начальное «Панфил» через промежуточные формы (вроде Панифил, Панифант) превратилось в Панифод. Подобные искажения характерны для простонародной речи, где непривычные греческие звуки заменяли на более привычные: конечное «-л» менялось на «-д» (ср. Феодор вместо Теодор).

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: Панифодов — сын Панифода. Окончание -а в женской форме (Панифодова) — грамматический показатель рода, не меняющий смысла. Носительницы фамилии — потомки человека, которого в документах записали как Панифод. Это мог быть крестьянин, посадский или ремесленник, так как подобные «переиначенные» имена были особенно распространены в среде, далёкой от книжной культуры.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где была сильна традиция бытовых вариантов календарных имён. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища. Однокоренные фамилии — Панифидов, Панифантьев, Панфилов — показывают, как одно имя разошлось по разным диалектным ветвям. В случае с Панифодовой мы видим не столько редкий корень, сколько редкий путь его фонетического изменения.

Сложность точной этимологии в том, что имя Панифод не фиксируется в святцах как самостоятельное. Поэтому часть исследователей допускает, что это не искажение Панфила, а самостоятельное прозвище от глагола «панифодить» (в некоторых говорах — «панибратствовать», «вести себя запанибрата»). Однако эта версия слабее: глагол поздний, а фамилия явно восходит к эпохе, когда основой служили именно крестильные имена. Более правдоподобно, что перед нами простонародная адаптация церковного имени, закрепившаяся в документах и ставшая родовой.