Фамилия Панифёдова — женская форма фамилии Панифёдов (или, реже, Панифёдова как исходная форма). Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант: Панифёдов. Основа здесь — имя или прозвище Панифёд, к которому добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Этот суффикс указывает на то, что фамилия образована от имени или прозвища предка: буквально «сын Панифёда» или «из семьи Панифёда».

Самая вероятная версия: Панифёд — это народная, просторечная форма канонического крестильного имени Панфил (от греческого «панфилос» — «всеми любимый»). В русской среде имена часто переделывались на слух: Панфил превращался в Панфила, а затем, под влиянием других имён на -фёд (вроде Фёдора), мог дать форму Панифёд (или Панифил). То есть предок носительницы фамилии мог быть крещён как Панфил, а в быту звался Панифёдом. Менее правдоподобна, но не исключена связь с редким греческим именем Панфед (от «пан» — «весь» и «федос» — «свет»), но в русских святцах оно не встречается, поэтому версия с Панфилом предпочтительнее.

Суффикс -ов делает фамилию типичной для центральной России и Поволжья — это самая массовая модель русских фамилий. Географически Панифёдовы чаще встречаются в Тверской, Ярославской и Московской областях, что характерно для фамилий, образованных от имён, бытовавших именно в северных и центральных говорах. Обратите внимание на написание: буква «ё» под ударением — это не орфографическая случайность, а живой признак произношения. В документах XIX века фамилию могли записывать и как Панифедова (через «е»), но правильное ударение падает на последний слог: Панифёдова.

Сословного барьера у фамилии не было: Панифёдовыми могли быть и крестьяне, и мещане, и священники. Единственное, что объединяет носителей, — предок носил имя Панфил (в просторечии Панифёд), которое в народе ассоциировалось с добрым, «любимым всеми» человеком. Иных прозвищных или ремесленных корней у фамилии нет — это чисто «именная» фамилия, каких в России большинство.