Фамилия Панокин — редкий случай, когда в основе лежит не усечённое имя, а полная форма, но с нестандартной суффиксацией. Большинство фамилий на -ин образованы от имён и прозвищ на -а/-я (Паня → Панин). Панокин же строится по модели «Панок + ин». Суффикс -ок здесь уменьшительно-ласкательный, как в словах «сынок», «дружок». Таким образом, Панок — это не имя, а ласковое прозвище, которое дали человеку по имени Паня (краткая форма от Пантелеймон, Панкрат, Панфил).

Вторая, менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от прозвища Панок, связанного с диалектным словом «панок». В южнорусских и украинских говорах так могли называть мелкого помещика, барина невысокого ранга, или, с иронией, заносчивого человека, который «корчит из себя пана». В этом случае фамилия носила бы социально-характеристический оттенок, указывая на поведение или статус предка.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, а также к регионам, граничившим с Украиной, где слово «пан» было в ходу. Встречаемость Панокиных невысока — это редкая фамилия, что говорит о локальном происхождении, возможно, от одного родового гнезда.

Словообразовательная модель Панок-ин интересна тем, что она конкурировала с более распространённой моделью Пан-ин. Если бы предка звали просто Паней, фамилия была бы Панин. Выбор в пользу Панокин указывает на то, что в обиходе укрепилось именно ласкательное прозвище Панок, которое и стало фамильным. Это делает Панокиных «родственниками» по суффиксу таких фамилий, как Сынокин, Дружокин, хотя те ещё более редки.