Фамилия Пантифорова — женская форма от Пантифоров, и её разбор стоит начать не с корня, а с модели образования. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую фамилию, то есть «чей?» — «Пантифоров сын», «внук Пантифора». Основа здесь — мужское имя или прозвище Пантифор.

Самая прямая версия: Пантифор — это народная, обиходная форма канонического имени Пантелеймон. В русской традиции длинные греческие имена часто усекали и переиначивали: Пантелеймон превращался в Пантелея, Пантюшу, а иногда и в Пантифора. Второй компонент мог возникнуть под влиянием слова «форос» (греч. «налог, подать») или просто за счёт удобного для произношения окончания. Подтверждение этому — фамилии Пантелеев, Пантелеевский, Пантюхов — все они восходят к тому же источнику, но Пантифоров стоит особняком как более редкий вариант.

Вторая, менее вероятная гипотеза: прозвище Пантифор могли дать человеку, связанному с пантомимой или театральным действом, — от греческого «пантомимос» (всё подражающий). Но в русском быту такое прозвище почти не встречается, и ономасты (например, в работах Б. Унбегауна по русским фамилиям) склоняются к имени-основе. Слабую версию о связи с латинским «panthera» (пантера) стоит отбросить сразу — для крестьянской или купеческой среды это слишком книжно.

Географически фамилия Пантифоров (и Пантифорова) редкая. В дореволюционных переписях она фиксируется в основном в центральных губерниях России — Тверской, Ярославской, Костромской. Это зона, где особенно любили сокращать и переделывать церковные имена на свой лад. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а не дворянами: патронимические фамилии на -ов у высшего сословия встречаются реже, там преобладали -ский и -ской.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительный штрих. Если Пантелеев — массовая фамилия, то Пантифоров — её диалектный или случайный «кузен», возникший в одном конкретном говоре. Возможно, в какой-то деревне Пантелеймона звали Пантифором, и прозвище закрепилось за всем родом. Сегодня фамилия встречается единично, и её носители могут с удивлением обнаружить, что их предки когда-то переделали имя святого в простое, корявое, но живое слово.