Фамилия Пантрина — редкий случай, когда основа слова уводит нас не в привычное прозвище или профессию, а в искажённое, возможно, диалектное звучание. Самая вероятная версия: в основе лежит слово «пантра», которое в русских говорах означало «петля», «силок», а также «хитрость», «увёртка». Человек, получивший прозвище Пантра, мог быть ловким охотником, ставившим силки, или же, в переносном смысле, хитрецом, изворотливым в делах. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Пантры.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим именем Пантелеймон (в народной форме Пантелей или Пантра). В этом случае фамилия могла возникнуть из разговорного сокращения, как, например, Панкрат превращался в Пантру. Однако для такой гипотезы нет устойчивой традиции: уменьшительные формы от Пантелеймона обычно давали Пантелеев, Пантелеевский, а не Пантрин.

Интересно, что фамилия не вписывается в привычные модели с суффиксами -ов/-ев, что говорит о её относительно позднем оформлении или о том, что прозвище Пантра было не отчеством, а прямым прозванием, которое закрепилось за семьёй без перехода в патронимическую форму. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектное слово «пантра» фиксировалось этнографами. Таким образом, предки носителей фамилии Пантрина с высокой долей вероятности были либо промысловиками-охотниками, либо людьми с недюжинной смекалкой, чья хитрость стала их отличительной чертой.