Фамилия Панютчева звучит как «женская», но по происхождению она от мужской формы Панютчев. Её основа — редкое для современного слуха прозвище или имя Панюта. Это уменьшительная форма от канонического имени Пантелеймон (в просторечии Пантелей, Пантя, Панюта) или, что чуть реже, от Панфил (через Панюта). В любом случае, корень восходит к греческому «пан» — «всё», «весь», что в имени Пантелеймон даёт значение «всемилостивый».

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Суффикс -ев- указывает на принадлежность («чей сын?» — Панютчев), но при этом основа Панют- содержит суффикс субъективной оценки -ют-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Этот суффикс придавал имени оттенок ласкательности или, наоборот, ироничного уменьшения, как в прозвищах Ванюта, Петюта. То есть фамилия изначально означала «сын Панюты» — человека, которого в семье или в округе называли ласково по имени.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и западнорусским областям, где уменьшительные формы на -юта были распространены шире, чем на севере. Встречается она и в украинской ономастике, где суффикс -ют- тоже продуктивен. Социальный срез — почти наверняка крестьянская или мещанская среда: дворянские фамилии редко образовывались от таких «домашних» форм имён.

Спорных версий немного. Иногда Панютчева пытаются связать с диалектным глаголом «панючить» (клянчить, канючить), но это натяжка: прозвищный суффикс -юта в таком случае дал бы другую огласовку (Панюка, Панюга), а не Панюта. Надёжнее держаться версии с уменьшительным именем — она подтверждается типовой моделью русских фамилий на -ев от имён на -юта.