Фамилия Папучиян — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с армянской традицией образования фамилий. Основа здесь — личное имя или прозвище Папук, Папуч или Папуча. В армянском языке «пап» означает «дед», «старец», а также может быть ласковым обращением к отцу или старшему мужчине. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — типичный армянский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду. То есть Папучиян буквально означает «из рода Папука» или «сын Папука».

Если разбирать модель глубже, то в основе лежит форма Папучи-: это либо вариант имени Папук с характерным армянским чередованием к/ч (Папук → Папучи), либо прозвище, образованное от слова «папуч» — в некоторых диалектах так называли старика или уважаемого человека. Фамилия закрепилась в форме с двумя «и» (Папучиян), а не с одним, как можно было бы ожидать в русской передаче (Папучян), что говорит о точной фиксации армянского произношения.

В отличие от русских фамилий, где суффикс -ин указывает на принадлежность (Петров — сын Петра), армянский -ян выполняет ту же роль, но без привязки к сословию. Папучиян — фамилия недворянская, её носители в Российской империи были в основном мещанами или крестьянами из армянских общин, особенно из Нагорного Карабаха и Зангезура, где такие фамилии распространены. Письменные источники XIX века фиксируют формы Папучиянц и Папучиян — вторая стала стандартом после русификации окончания.

Поскольку фамилия редкая, её носители в России и странах бывшего СССР — чаще всего потомки армян, переселившихся в центральные регионы в советское время. Встречается также вариант Папущян, но это уже другая ветвь, с иной основой (возможно, от «папущ» — «опора»). Споров о происхождении почти нет: армянский корень и суффикс очевидны, а попытки вывести фамилию из тюркских языков (например, от «папуча» — «туфелька») лингвистически слабы, так как в армянской антропонимии нет массовых заимствований такой модели.