Фамилия Папушникова — женская форма фамилии Папушников. Её основа — прозвище или ремесленное название «папушник». В русских говорах «папушником» называли того, кто пёк или продавал папушники — особый вид сдобного хлеба, пшеничного калача, иногда с добавлением изюма или мака. Слово «папуша» (или «папушка») в ряде регионов означало «связка», «пучок», а применительно к хлебу — «круглая булка», «лепёшка». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был пекарем или торговцем хлебом, причём не рядовым, а специализировавшимся на определённом сорте выпечки.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ник- от названия продукта (папушник) и далее типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Папушника». Фамилия относится к «профессиональным» и «прозвищным» — одной из самых распространённых групп русских фамилий, наряду с Кузнецов, Мельников, Плотников. Интересно, что в отличие от фамилий на -ник (например, Сапожников), где ясно ремесло, «Папушников» встречается реже, что говорит о более узкой, локальной специализации.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где слово «папушник» было в ходу — в Тульской, Рязанской, Воронежской губерниях. Встречается она и на Украине, где «папуша» означает «связка табака» или «пачка», что даёт альтернативную, менее вероятную версию: прозвище мог получить торговец табачными листьями. Однако хлебная версия убедительнее: в русском ономастиконе фамилии от названий хлебобулочных изделий (Блинников, Пирожков, Калачников) встречаются часто, а «табачный» след был бы единичным.

Сословно фамилия, скорее всего, принадлежала крестьянам или посадским людям — ремесленникам и мелким торговцам. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. В современных справочниках фамилия Папушников (и Папушникова) числится как редкая, что только подтверждает её узкопрофессиональное и региональное происхождение.