Фамилия Папутникова — женская форма фамилии Папутников, которая образована от прозвища или мирского имени Папутник. Основа здесь — «папутник». Слово это в старых русских говорах имело два основных значения, и от того, какое из них легло в основу, зависит, кем был первый носитель фамилии.

Первое и самое вероятное значение — «попутчик», «спутник», «тот, кто идет по одному пути». В таком случае Папутником называли человека, с которым часто случалось идти или ехать одной дорогой, соседа по путешествию. Прозвище могло закрепиться за странником, торговцем, ямщиком или просто человеком, который постоянно оказывался рядом в дороге. Второе, более редкое значение, связано с растением «папутник» — так в некоторых областях называли подорожник (по той же логике: растет при дороге, «па пути»). Прозвище могли дать человеку невысокому, стелющемуся, или же тому, кто лечил травами, используя подорожник.

Суффикс -ов- в мужской форме Папутников указывает на принадлежность: буквально «сын Папутника» или «из рода Папутника». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища и мирские имена активно превращались в родовые имена. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь основа на твердый согласный, что дало суффикс -ов.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, а также к Уралу, куда переселенцы принесли свои прозвища. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, род пошел из одной конкретной местности, где прозвище Папутник было в ходу.

Сословный состав у фамилии, скорее всего, крестьянский или посадский. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано. В отличие от фамилий, образованных от церковных имен (Иванов, Петров), Папутникова стоит в ряду «говорящих» прозвищных фамилий, которые прямо описывали человека по занятию, привычке или черте характера. Интересно, что в старых переписях можно встретить вариант написания «Папутниковъ» с твердым знаком на конце, что не меняет сути, но указывает на дореволюционное происхождение записи.