Основой фамилии Попутников послужило мирское имя Попутник. Мирское имя Попутник образовано от аналогичного существительного со значением «растение арженик, узик, подорожник, ранник или порезник». Давая младенцу такое имя, как Попутник, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это растение. Возможно также, что фамилия Попутников происходит от прозвища Попутник. Оно восходит к глаголу «попутничать», то есть «попутешествовать». Вероятно, именование Попутник принадлежало тому, кто часто переезжал с места на место. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Попутник, со временем получил фамилию Попутников. Так, например, в Книге памяти Московской области упоминается Николай Ануфриевич Попутников, родившийся в 1901 году в Серкино Нейского района Ярославской области. В Книге памяти Ярославской области содержится информация о Николае Васильевиче Попутникове, родившемся в 1911 годв в деревне Ивашково Ростовского района Ярославской области.