Фамилия Папутников образована по редкой для русских фамилий модели: от основы «папутник» с суффиксом -ов. Обычно фамилии на -ов образовывались от названий профессий или прозвищ, заканчивающихся на согласный (Кузнец — Кузнецов), но здесь мы видим слово, которое само уже имеет суффикс -ник, и к нему добавили родовой суффикс. Это говорит о том, что исходное прозвище было не просто «Папут», а именно «Папутник» — человек, связанный с папутьем.

Значение корня «папут-» восходит к древнерусскому слову «папутье» — попутная дорога, направление. В говорах «папутником» называли попутчика, спутника, а также человека, который часто ходит по одной дороге или промышляет извозом. В южнорусских и украинских диалектах слово «папутник» могло означать и «путник, идущий по паперти» — то есть нищий, странник, который просит подаяние у церкви. Таким образом, прозвище могло указывать либо на род занятий (ямщик, возчик, проводник), либо на образ жизни (странник, бродяга).

Интересно, что фамилия Папутников почти не встречается в центральных регионах России, зато фиксируется в документах XVII–XVIII веков на территории бывшего Речи Посполитой — в Беларуси и на Смоленщине. Это наводит на мысль о польском или западнорусском влиянии: в польском языке есть слово «paputnik» (от «paput» — башмак, туфель), но оно означало башмачника. Однако для фамилии Папутников более вероятна именно дорожная версия, так как суффикс -ник в восточнославянских фамилиях чаще указывает на деятеля, а не на предмет.

Встречаются и однокоренные фамилии: Папутин, Папутко, Папуть. Но Папутников — самая редкая из них. Носители фамилии в XIX веке в основном были крестьянами и мещанами, никаких знатных родов с такой фамилией не зафиксировано. Так что, скорее всего, предок современного Папутникова был либо возчиком на тракте, либо человеком, который постоянно находился в пути, — и это прозвище закрепилось за его потомками.