Фамилия Парафонова — женская форма от Парафонов, и её происхождение не столь очевидно, как может показаться на первый взгляд. В основе лежит имя или прозвище Парафон, которое, скорее всего, является народной, обиходной формой крестильного имени Парафён (или Парафен). В русской традиции имя Парафён восходит к греческому Парфений — «девственный», «чистый». Такая трансформация — Парфен → Парафон — типична для диалектного произношения, где безударное «е» переходит в «а», а «н» перед гласным смягчается не всегда.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Парафонов — сын Парафона. В документах XVII–XVIII веков фамилия встречается в разных регионах, но особенно часто — на Русском Севере и в Поволжье, где имя Парфён было популярно среди крестьян и посадских людей. Например, в переписных книгах Архангельской губернии упоминаются Парафоновы, ведущие род от рыбаков и ремесленников.

Есть и альтернативная, хотя и менее вероятная, версия: что Парафон — это адаптация финно-угорского или тюркского имени, случайно созвучного греческому. Однако большинство ономастов (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») склоняются к церковному корню, так как Парфений был распространённым именем в святцах, а его просторечные варианты дали целый ряд фамилий: Парфёнов, Парфентьев, Парафонов, Паршиков (от Парша — уменьшительное от Парфений).

Таким образом, носительница фамилии Парафонова может считать своими предками людей, которых в быту звали Парафоном — скорее всего, простых крестьян или горожан, живших в центральной или северной части России. Сама фамилия — живой пример того, как церковное имя, пройдя через народное произношение, закрепилось в родовом прозвании.