Фамилия Парафонов — один из тех случаев, когда народная речь перекроила церковное имя на свой лад, а затем закрепила результат в документах. В основе лежит каноническое мужское имя Парфений (от греческого «парфенос» — девственник, целомудренный). В бытовом произношении имя упростили: выпал звук «н», и Парфен превратился в Парафона (или Порофона). От этой разговорной формы и пошла фамилия через стандартный патронимический суффикс -ов: Парафонов буквально значит «сын Парафона».

Форма Парафон не была единственной. В говорах встречались варианты Парфун, Парфен, Порфен, Пороха. Поэтому у фамилии есть фонетические «родственники» — Парфенов, Парфёнов, Парфутин, Порфирьев (хотя последнее восходит к другому греческому имени — Порфирий). Разница в написании могла зависеть от местного аканья или оканья: в южнорусских и среднерусских говорах безударное «о» произносили как «а», отсюда Парафонов, а в северных диалектах могли писать через «о» — Порофонов.

Социальный состав носителей типичен для русской патронимической фамилии. Парафоновы встречались и среди крестьян, и среди мещан, и среди духовенства, поскольку имя Парфений было распространено в церковной среде. Однако точных данных о географическом ядре фамилии в открытых источниках мало. Известно, что в XIX веке Парафоновы фиксировались в Воронежской, Тамбовской и Саратовской губерниях — как раз в зоне акающих говоров, где форма Парафон была естественной.

Интересная деталь: фамилия могла возникнуть и от прозвища Парафон, данного человеку не по имени, а по какой-то черте характера или внешности. В диалектах слово «парафон» иногда имело ироничный оттенок — так могли назвать чудаковатого или простоватого человека. Но эта версия менее вероятна, так как основная масса русских фамилий на -ов образована именно от крестильных имён, а не от прозвищ. Тем не менее полностью исключать прозвищный след не стоит — в отдельных случаях он мог наложиться на именную основу.

Сегодня фамилия Парафонов — редкая. Она не входит в сотни самых распространённых русских фамилий, но встречается по всей России, особенно в центральных и южных регионах. Носители, если захотят узнать историю, могут смело считать своим предком человека по имени Парфений, которого в быту звали сокращённо и по-свойски — Парафон.