Фамилия Парафенко — характерный пример украинской модели образования фамилий. Её основа — имя Парафен, которое является народной, разговорной формой крестильного имени Парфений. В православных святцах имя Парфений (от греческого parthenos — «девственный», «чистый») встречается нередко, но в быту оно постоянно упрощалось. На украинской почве, где звук «ф» часто заменялся на «хв» или сохранялся, а безударные гласные редуцировались, имя Парфений дало такие варианты, как Парфен, Пархом, Парамон и, в данном случае, Парафен.

Суффикс -енко — самый распространённый патронимический показатель в Украине. Он означает «сын» или «потомок» (буквально: «маленький», «младший»). Таким образом, Парафенко — это «сын Парафена». Первым носителем фамилии был, скорее всего, человек, которого в обиходе звали по отцу: «чей ты будешь?» — «Парафенков», то есть из рода Парафена. Со временем это прозвание закрепилось за потомками и стало наследственной фамилией.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда шли переселенческие потоки. Встречается она и в Беларуси, но реже. Украинское происхождение фамилии подтверждается не только суффиксом, но и тем, что в русской традиции форма на -енко нетипична: если бы фамилия формировалась в великорусских говорах, она скорее приняла бы вид Парфенов или Парфентьев.

Интересно, что имя Парфений в народе иногда переосмысливалось и сближалось со словом «парафин» или «парафраз», но это ложная этимология. Никакого отношения к этим словам фамилия не имеет. Единственная реальная связь — с каноническим именем, которое через цепочку уменьшительных форм дало такую необычную, но логичную с точки зрения исторической фонетики, фамилию.