Фамилия Парафиленко — характерный пример восточноукраинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс, означавший «сын» или «потомок», был главным маркером казацкой старшины и мещанства на Левобережной Украине, а позже распространился повсеместно. Основа фамилии — личное имя или прозвище Парафил, которое само по себе редкое и заслуживает отдельного разбора.

Скорее всего, в основе лежит греческое имя Парафил (Παράφυλος), что значит «близкий по роду, соплеменник». В православных святцах это имя не встречается, но в южнорусских и украинских землях бытовали неканонические, народные формы греческих имен, особенно среди грамотного духовенства и казачества. Парафил могло быть либо прямым именем, либо прозвищем, данным человеку за верность роду или общине.

Менее вероятна, но возможна связь с греческим словом «парафилия» (παραφυλία) — «отклонение от рода», но в прозвищной культуре такое значение давали редко, скорее как ироничное прозвище. Еще одна версия — искажение имени Прохор или Парфений через диалектное произношение, но для этого нет убедительных лингвистических оснований.

Географически фамилия Парафиленко тяготеет к центральным и восточным областям Украины: Полтавщина, Черкащина, Харьковщина. В России она встречается единично, в основном среди потомков переселенцев с Украины. По сословной принадлежности носители фамилии в XIX веке чаще всего были крестьянами или мещанами, но сам факт фамилии на -енко указывает, что предок был свободным человеком, а не крепостным.

Словообразовательная модель проста: Парафил + суффиксальный элемент -енк(о). Ударение в фамилии, по законам украинской ономастики, падает на предпоследний слог: Парафиле́нко. В русской среде ударение иногда смещается на третий слог: Парафи́ленко.

Однокоренных фамилий немного: Парафилов, Парафилюк, Парафилевич. Все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами, характерными для разных регионов и эпох. Парафиленко — самая «молодая» по форме, типичная для фамилий, закрепившихся в XVIII–XIX веках.