Фамилия Парафиенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. В украинской ономастике суффикс -енко — один из самых продуктивных патронимических суффиксов, указывающий на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. Если Парафиенко, значит, предка звали Парафий или Парафийко.

Основа фамилии — Парафий. Это разговорная, народная форма канонического церковного имени Порфирий. Имя Порфирий греческого происхождения (porphyreos — «пурпурный», «багряный»). В православной традиции оно связано с раннехристианскими святыми, но в быту греческое «порфир» часто переделывалось в более простое для произношения «Парафий» или «Парафийко». Украинские говоры вообще склонны заменять начальное «по» на «па» перед плавными согласными: ср. диалектное «парох» из «порох», «парось» из «порось» (поросёнок). Так Порфирий стал Парафием.

Встречается и менее вероятная версия, связывающая фамилию с греческим «парафия» — «приход, церковный округ» (от греч. paroikia). По ней прозвище Парафия мог получить церковный служитель или человек, приписанный к определённому приходу. Но эта версия слабее: прозвища от слова «приход» в восточнославянской традиции редки, а имя Порфирий в народных формах — массовое явление.

Географически фамилия Парафиенко сосредоточена в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской областях. В России встречается реже, чаще всего в южных регионах или среди потомков переселенцев с Украины. Сословного барьера фамилия не имела: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане — патроним на -енко был всесословным в украинской среде.

Интересная деталь: в XIX веке фамилию могли записывать как Парафиенко, так и Парафiенко (с «i» в корне), а в метрических книгах иногда встречается вариант Порофиенко — более близкий к исходному имени Порфирий. Это помогает при поиске предков: стоит проверять оба написания.