Фамилия Парафилова — женская форма, а её мужской вариант Парафилов. В основе фамилии лежит редкое календарное имя или прозвище, и здесь возможны две версии, причём одна из них заметно правдоподобнее.

Самая вероятная основа — имя Парафил, которое встречалось в святцах. Это греческое имя (παρά — «возле, около» и φίλος — «друг»), то есть «близкий друг». Имя было нечастым, но в русской традиции давали и более редкие варианты, а от них образовывали фамилии с помощью стандартного суффикса -ов. Парафилов — буквально «сын Парафила». Такая модель образования типична для XVI–XVII веков, когда большинство русских фамилий складывалось из имени отца.

Менее убедительная, но тоже возможная версия — связь с диалектным словом «парафить» или «парафиться» (лениться, бездельничать, а в некоторых говорах — важничать). В этом случае Парафил — это прозвище нерадивого или гордого человека, которое потом закрепилось как фамилия. Однако против этой гипотезы говорит то, что глагол имеет узкорегиональное распространение (северо-западные говоры), а фамилия встречается шире.

С географией у Парафиловых интересно: фамилия редкая, но не единичная. По данным открытых источников, наибольшая концентрация носителей — в Поволжье (Самарская, Саратовская области) и на Урале. Это косвенно указывает на то, что фамилия могла возникнуть в среде служилых людей или крестьян, переселявшихся на восток в XVII–XVIII веках. В дворянских родословных книгах Парафиловы не значатся — скорее всего, это фамилия крестьянская или мещанская.

В написании есть одна особенность: ударение в фамилии обычно падает на второй слог (Пара́филов), хотя в имени Парафи́л — на третий. Это типичный сдвиг ударения в русских фамилиях, образованных от греческих имён.