Фамилия Парафенюк — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ук/-юк. Суффикс, широко распространённый на западе Украины (Волынь, Подолье, Галичина), указывает на происхождение от отца: Парафенюк буквально значит «сын Парафена». В основе лежит личное имя Парафен, народная форма канонического имени Парфений. Это имя греческого происхождения, означавшее «девственный», «чистый»; в православных святцах оно связано с несколькими раннехристианскими мучениками.

География фамилии сегодня сосредоточена в западных областях Украины, особенно в Ровенской, Волынской и Тернопольской областях. Встречается она и в приграничных районах Беларуси, что объясняется исторической миграцией крестьянского населения. Интересно, что на русской почве имя Парфений часто переходило в Парфен, а затем в Парафен — с заменой начального «п» на «пф» или «ф» под влиянием диалектного произношения. Таким образом, Парафенюк — не редкая, но не слишком частая фамилия, сохранившая архаичную черту украинской антропонимии: суффикс -юк вместо более привычного -енко.

Если судить по модели образования, предки носителей фамилии были крестьянами или мещанами — в среде казацкой старшины и шляхты подобные фамилии почти не встречались. В XIX веке, когда фамилии закреплялись окончательно, Парафенюки жили в сёлах, где имя Парфений ещё оставалось в обиходе. Сейчас фамилия звучит непривычно для уха жителя центральной России, но для украинского ономастикона это вполне рядовая форма, родственная таким фамилиям, как Парфенюк, Парфёнов, Парамонов.