Фамилия Парафейников образована от прозвища Парафейник. Оно ведет свое начало от нарицательного «параф» (от греческого paragraphos), которое имеет значение «росчерк в подписи», «сокращенная подпись, инициалы». Поэтому можно предположить, что основатель рода Парафейниковых был писцом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Парафейник, со временем получил фамилию Парафейников.