Фамилия Парафейникова — яркий пример того, как просторечное, «народное» произношение церковного имени закрепилось в официальной фамилии. Её основа — мужское имя Парафей, которое на самом деле является искажённой формой канонического имени Парфений (от греческого «парфенос» — девственник, чистый). В русских говорах звук «н» перед «ф» часто выпадал или заменялся, а «е» переходило в «и» — так Парфений превращался в Парафея, а затем и в Парафейника.

Суффикс -ников указывает на принадлежность по отцу: Парафейников — сын Парафейника. Форма Парафейникова — женский вариант той же фамилии. Само прозвище Парафейник могло означать либо «человек по имени Парафей», либо, что вероятнее, «внук или сын Парафея» (по модели «Иван → Иваник → Иваников»). Таким образом, предок носительницы фамилии был человеком, чьего отца или деда звали Парафеем.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где простонародные формы церковных имён были особенно живучи. Встречается она нечасто — это редкий антропоним, сохранивший архаичную фонетику. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово давали крестьянам после отмены крепостного права, модель на -ников характерна для более раннего слоя: так именовали посадских людей, ремесленников и крестьян ещё в XVI–XVII веках.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать фамилию с греческим «парафео» (наблюдать, сторожить) — но это натяжка: в русской ономастике нет следов такого заимствования. Правдоподобнее всего лежит на поверхности: Парафей — это Парфений, которого в народе переиначили до неузнаваемости. Та же судьба постигла имена Парамон, Параскева, Порфирий — все они дали десятки просторечных вариантов, ставших фамилиями.

Для тех, кто ищет свои корни, стоит обратить внимание на однокоренные фамилии Парфёнов, Парфентьев, Парамонов — они образованы от того же исходного имени, но по другим моделям. Парафейникова же стоит особняком: в ней слышна живая разговорная стихия, а не книжная норма.