Фамилия Парфишина — женская форма фамилии Парфишин, и её происхождение стоит искать в мужском личном имени или прозвище, от которого она образована. В основе почти наверняка лежит каноническое крестильное имя Парфений (от греческого «парфенос» — девственник, чистый). В народной русской речи это имя давало множество производных форм: Парфён, Парфёня, Парфёха, Парфёша, а также Парфиша. Именно последняя форма — Парфиша — и стала основой для фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Парфишин — это «сын Парфиши» или «человек из дома Парфиши». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде простого люда, крестьян и посадских людей, где отчество или прозвище отца переходило к детям без изменений. В отличие, скажем, от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались у бояр и служилых людей, -ин — суффикс, распространённый повсеместно, но особенно частый в северных и центральных регионах России.

Редкость этой фамилии объясняется тем, что исходное имя Парфиша — не самая популярная народная форма. Гораздо чаще встречались Парфёнов, Парфентьев, Паршин (от Парша, сокращение от Парфений). Парфишин стоит в ряду более редких «ответвлений» от того же корня, что делает его ценным маркером для генеалогического поиска: если предок носил именно такое прозвище, это может указывать на конкретную местную традицию произношения имени.

С точки зрения словообразования, обращает на себя внимание суффикс -иш- в основе. В русском языке этот суффикс может иметь как уменьшительно-ласкательное, так и уничижительное значение (ср. «парниша» — ласково, «домишко» — пренебрежительно). В случае с именем Парфиша, скорее всего, преобладала ласкательная или обиходная функция: так могли называть младшего члена семьи, подростка или просто человека в дружеском кругу. Таким образом, фамилия Парфишина буквально означает «принадлежащая к роду того самого Парфиши» — носителя неофициального, но привычного в быту варианта имени Парфений.