Фамилия Парфугин — один из тех случаев, когда народная речь перекроила церковное имя до неузнаваемости. В её основе лежит крестильное имя Парфений, которое в русском быту звучало как Парфён, а затем и вовсе сократилось до просторечного Парфуга. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Парфугин буквально означает «сын Парфуги» или «человек из семьи Парфуги».

Само имя Парфений греческого происхождения и переводится как «девственный», «чистый». В святцах оно встречается нередко, но в народе его быстро адаптировали: отсекали окончание, добавляли уменьшительные суффиксы. Форма Парфуга — результат такого упрощения, когда полное имя сократили, а затем «обрубили» до удобного для повседневного обихода варианта. Подобные трансформации типичны для русских фамилий: скажем, от того же Парфения образовались Парфёнов (более распространённая форма), Парфин, Паршутин и даже Пархаев.

Интересно, что фамилия Парфугин встречается довольно редко и имеет ярко выраженную географическую привязку. По данным переписей и архивов, основное ядро носителей сосредоточено в северных и центральных регионах России — в частности, в Вологодской и Архангельской областях, а также в Поволжье. Это наводит на мысль, что прозвище Парфуга могло закрепиться именно в местных говорах, где окончание -уга (как в словах «батюга», «Митуга») было характерным для просторечных форм имён.

Сословная принадлежность предков Парфугиных, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилии на -ин в массе своей принадлежали простым людям, а редкое окончание -угин выдаёт не книжное, а живое, диалектное происхождение. Никаких документальных подтверждений дворянского корня у этой фамилии нет — она целиком и полностью из народной толщи, из тех, кого в старину записывали по отцу: «Парфугин сын».