Фамилия Парфутина — женская форма от Парфутин, а та, в свою очередь, образована от имени Парфута. Это не официальное календарное имя, а народная, разговорная версия крестильного имени Парфений. В русской традиции длинные греческие имена часто урезали и добавляли уменьшительные суффиксы: Парфений превращался в Парфу, Парфутку, Парфуту. Суффикс -ут- здесь выполняет ту же роль, что в именах Мишута (от Михаил) или Ванюта (от Иван) — придаёт оттенок ласкательности или просторечия.

Само имя Парфений в переводе с греческого означает «девственник», «чистый». В святцах оно связано с несколькими раннехристианскими святыми, но в народе это значение быстро стёрлось, и имя воспринималось как обычное, хоть и не самое частое. Фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России: они отвечали на вопрос «чей?» — сын Парфуты, то есть Парфутин.

В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от полных форм (Парфенов, Парфеньев), Парфутин — явный признак бытового, неофициального имени. Это не ремесленное прозвище и не указание на место жительства: предок носителя фамилии был просто Парфута, то есть Парфений в домашнем обиходе. Скорее всего, он жил в крестьянской или мещанской среде, где полные церковные имена заменяли уличными вариантами.

Изредка встречается версия, что Парфута могло быть прозвищем от глагола «парфутить» (в некоторых говорах — «суетиться», «делать что-то невпопад»), но это маловероятно: глагол этот крайне редок и локально ограничен, а имя Парфений было широко распространено. Поэтому основная и самая надёжная версия — происхождение от канонического Парфения через народную форму.

Фамилия нечастая, но устойчиво встречается в Пермском крае, Кировской области и на Урале — в тех регионах, где в XVII–XVIII веках активно селились выходцы из северных русских земель, сохранявшие архаичные формы имён.