Фамилия Патконян — редкий случай в русском ономастиконе. Она не славянская по происхождению, а армянская, и образована по классической модели армянских фамилий с суффиксом -ян (-янц). В основе лежит имя или прозвище Паткон, которое, скорее всего, восходит к армянскому слову «паткер» (образ, изображение) или к личному имени Паткан, уменьшительной форме от Патвакан. Таким образом, Патконян — «из рода Паткона» или «потомок Паткона».

Суффикс -ян — самый распространённый в армянской фамильной системе, он указывает на принадлежность к роду. В отличие от русских фамилий, где суффиксы -ов/-ев, -ин означают «чей?», армянский -ян выполняет ту же функцию, но исторически связан с патронимией: сын такого-то. В Российской империи, особенно на Кавказе, такие фамилии часто русифицировали, меняя окончание на -ов или -ев, но Патконян сохранил исходную форму — это говорит о том, что носители фамилии либо переселились в русскоязычную среду относительно поздно, либо сознательно держались за армянский вариант.

Географически фамилия тяготеет к регионам исторической Армении и армянской диаспоры. В России она встречается спорадически, чаще всего в Краснодарском крае, Ростовской области и в Москве — туда переселялись армяне из Закавказья в XIX–XX веках. В самой Армении фамилия Патконян не входит в число массовых, но известна: например, в армянской культуре есть филолог и переводчик Грачья Патконян (XIX век), что указывает на возможную связь фамилии с образованными слоями.

С точки зрения социальной истории, предки носителей фамилии могли быть ремесленниками, торговцами или священнослужителями. Армянские фамилии на -ян, образованные от личных имён, редко указывают на конкретное занятие — они скорее маркируют родство. Однако если основа Паткон действительно восходит к «паткер», то прозвище мог получить иконописец или художник, но это лишь гипотеза без документальных подтверждений.

В написании фамилии возможны варианты: Патконян, Патконьян, а в старой орфографии — Патконянц. В русском языке ударение обычно падает на последний слог: Патконян. Фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, но женский вариант остаётся неизменным.