Фамилия Пауданен — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не русское, а финно-угорское, точнее — карельское или финское. Суффикс -нен — типичный патронимический показатель в финском и карельском языках, означающий «из рода такого-то» или «принадлежащий к дому». В Финляндии и Карелии фамилии на -нен массово формировались в XIX веке, часто от названий местности, прозвищ или имён. Таким образом, Пауданен — это «сын Пауда» или «из семьи Пауда».

Основа Пауда- не имеет прямого аналога в русском языке. По одной версии, это вариант карельского прозвища или имени, связанного с диалектным словом «pauha» — «шумный», «громкий», «буйный». В таком случае предок мог получить прозвище за бурный нрав или громкий голос. По другой версии, основа восходит к финскому «pauhu» — «грохот», «шум прибоя», что могло указывать на место жительства у бурной реки или порога. Третья гипотеза — от имени собственного Paavo (финский вариант Павла), но фонетический переход от Paavonen к Paudanen неочевиден.

В России фамилия Пауданен встречается почти исключительно на территориях, исторически связанных с финно-угорским населением: в Республике Карелия, Ленинградской и Мурманской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири. В центральных регионах России она практически отсутствует. Носители фамилии — потомки карел, ингерманландских финнов или вепсов, которые в разное время либо сохранили исходную форму, либо русифицировали её лишь частично (без замены суффикса на -ов или -ин).

С точки зрения словообразования, Пауданен стоит в ряду таких фамилий, как Хаккинен, Морозен, Кеттунен. Все они образованы по одной модели: основа + -нен. В русской среде этот суффикс нередко воспринимали на слух как «-ин» или «-ов», поэтому встречаются искажённые варианты — Пауданов, Паудин, но исходная форма сохранилась именно в северо-западных регионах. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — её носители, скорее всего, были крестьянами, рыбаками или лесорубами, что типично для финно-угорского населения тех мест.