Фамилия Паукшен — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не угадывается с первого взгляда. На слух она кажется иноязычной, но корень у неё славянский, хотя и с неожиданным поворотом.

Скорее всего, в основе лежит слово «паук». Но как из него получился Паукшен? Дело в суффиксе. В польском, белорусском и украинском языках есть уменьшительно-уничижительные формы с суффиксом -ш-: от «паук» — «паукша» (паучок, мелкий паук). Фамилия Паукшен — это русифицированная форма отчества от такого прозвища: «чей?» — Паукшин, но под влиянием местных говоров или при записи в документах «и» могло перейти в «е». Получается цепочка: прозвище Паукша → отчество Паукшен (сын Паукши).

Кого так могли прозвать? Варианта два. Первый — по внешности или характеру: невысокого, цепкого, суетливого человека, похожего на паука. Второй — по ремеслу. В некоторых диалектах «пауком» называли ткача, причём не столько за сходство с насекомым, сколько за кропотливую, монотонную работу за станком. Так что Паукшен мог быть потомком ткача или прядильщика, получившего нелестное, но меткое прозвище.

География фамилии подсказывает, что её носители — выходцы из западных регионов бывшей Российской империи. Фамилия встречается в Беларуси, на Смоленщине, в Брянской области — как раз в зоне польского и белорусского влияния на русскую ономастику. Суффикс -ен вместо -ин — характерная примета именно этих мест, где фамилии часто записывали «на слух», с местным произношением.

Сравните с однокоренными: Пауков, Паукшто (литовский вариант), Паукша. Паукшен стоит особняком — он сохранил в себе не только корень, но и редкую модель образования, которая указывает на конкретный регион и, возможно, на сословную принадлежность. В среде крестьян и мещан западных губерний такие «уменьшительные» отчества были обычным делом.