Фамилия Паупере — редкий пример фамилии, которую не стоит пытаться разобрать по стандартной русской модели на -ов/-ин. Её происхождение лежит в латышском языке, и носители такой фамилии почти наверняка имеют латышские корни.

Основа фамилии — латышское слово paupers (пауперс), которое переводится как «бедняк», «нищий», «неимущий». Слово это, в свою очередь, заимствовано из немецкого Pauper (от латинского pauper — бедный), но в латышском языке оно прижилось и стало обозначать конкретное социальное положение — человека без земли и имущества, часто батрака. Таким образом, фамилия Паупере — это прямая социальная характеристика предка, прозвище по его материальному положению, а не по профессии или месту жительства.

Суффикс -ere в латышских фамилиях — типичное женское окончание. Мужской вариант этой же фамилии звучал бы как Пауперс. Однако в русской традиции, особенно при записи в метрических книгах и советских паспортах, женская форма могла закрепиться за всей семьёй, либо фамилия была записана в той форме, в которой её носила женщина (например, вдова или мать-одиночка, с которой пошёл род). Поэтому современные носители фамилии Паупере — и мужчины, и женщины — часто носят именно женский грамматический вариант, что для латышских фамилий не редкость.

Географически фамилия тяготеет к восточной части Латвии — Латгалии, а также к историческим территориям проживания латышей в Витебской губернии Российской империи. Встречается она и среди староверов, живших в Латвии, которые могли перенять латышскую фамилию по соседству или при браке. В современной России Паупере — фамилия единичная, её носители — это потомки латышей, переселившихся в Сибирь или другие регионы в ходе столыпинской аграрной реформы или эвакуации в Первую мировую войну.

С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна и лишена сложной морфологии: корень pauper- и окончание -e (в мужском варианте -s). Никаких русских суффиксов принадлежности вроде -ов или -ин здесь нет, что сразу указывает на иноязычное происхождение. Однокоренные фамилии — Пауперс, Паупер, а также немецкая Паупер, но в русском контексте все они будут редки и локальны.