Фамилия Павкекупа — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение неочевидно даже для специалиста. С первого взгляда бросается в глаза необычная структура: в русских фамилиях почти не встречается сочетание «купа» в конце, а корень «павкек» выглядит искусственным или иноязычным. Наиболее правдоподобная версия — это искусственная или сложносоставная фамилия, возникшая в среде духовенства.

В XVIII–XIX веках семинаристам при поступлении часто меняли фамилии на «благозвучные» латинские или греческие. «Павкекупа» может быть переделкой латинского paucus («малый, скудный») и cupa («бочка, кадка»). В буквальном смысле — «малая бочка», что могло стать прозвищем невысокого или плотного человека, либо шуточной фамилией, данной за скромный рост или фигуру. Семинарские фамилии нередко образовывали из двух слов, соединяя их в одно, и «Павкекупа» — типичный пример такой книжной конструкции.

Менее вероятно, но допустимо, что основа связана с диалектным словом «павек» (век, жизнь) и «купа» (куча, группа). В этом случае фамилия могла означать «вековая куча» или «долгая жизнь», но это слишком натянуто для русского уха. Ещё реже можно предположить связь с фамилией Павкевич или Павкеев, где «павк» — искажённое «паук», но тогда финаль «екупа» необъяснима.

Географически фамилия почти не встречается: единичные носители зафиксированы на западе России и в Беларуси, что косвенно подтверждает версию о семинарском происхождении — выпускники духовных училищ расходились по разным епархиям. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Павкекупа не имеет патронимической основы (не от имени отца) и не связана с ремеслом или прозвищем в крестьянской среде. Это яркий пример того, как искусственное слово, составленное из латинских корней, стало фамилией для одного или нескольких родов и осталось почти уникальным.