Фамилия Пайдушева — женская форма мужской фамилии Пайдушев, и в её основе лежит редкий суффиксальный тип, который сразу выдаёт региональное происхождение. Суффикс -ушев (чередование с -уш-) характерен для тюркских языков, особенно для татарского и башкирского, где он образует уменьшительно-ласкательные или патронимические формы от личных имён. В русской ономастике такие фамилии чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале — в зоне активного русско-тюркского пограничья.

Корень «Пайд-» почти наверняка восходит к татарскому или башкирскому имени Пайда (или Пайдуш). Слово «пайда» в тюркских языках означает «польза», «выгода», «прибыль». Соответственно, Пайдуш — это ласкательная форма имени со значением «полезный», «приносящий пользу». В народной среде такое имя могли дать ребёнку как пожелание, чтобы он вырос удачливым и помогал семье.

По модели образования фамилия Пайдушев — типичный патроним, то есть «сын Пайдуша», где -ев — русский суффикс притяжательности, приставленный к тюркской основе. Такое сочетание — признак того, что предок носителя фамилии был тюркоязычным (вероятно, татарином или башкиром), но попал в русскую среду, где его прозвище или имя переоформили по русским фамильным нормам. Скорее всего, первые Пайдушевы были крещёными татарами или приняли православие, о чём говорит русское окончание.

Встречаемость фамилии невысокая. По открытым данным, Пайдушевы живут в основном в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Самарской областях. Изредка фамилия фиксируется в Сибири — это следы переселений начала XX века.

Написание «Пайдушева» с буквой «а» в первом слоге — единственный вариант, закрепившийся в документах. Ошибки вроде «Пойдушева» или «Пайдушова» встречаются, но они искажают исходное тюркское звучание. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Пайдусов, Пайдулин, Пайдулаев — все они ведут к одному корню «пайда», но различаются суффиксами, указывающими на разные диалекты или эпохи заимствования.