Фамилия Пайдушев — одна из тех, чья основа теряется в диалектной лексике и личных именах, бытовавших в Поволжье. Если смотреть на словообразовательную модель, то перед нами типичный русский патроним на -ев: он образован от прозвища или имени Пайдуш. Суффикс указывает, что предка звали Пайдуш, а его потомки стали Пайдушевыми.

Корень «пайд» — самый спорный. Скорее всего, он восходит к тюркскому или финно-угорскому субстрату. В языках народов Поволжья (татарском, башкирском, марийском) есть основа «пай» со значением «доля, часть, счастье, удача». Например, татарское имя Пайдулла (Пай + дулла) означает «доля Аллаха». Прозвище Пайдуш могло быть уменьшительной формой от имени Пайдулла или самостоятельным именем со значением «счастливчик», «тот, кому досталась доля». Вторая часть «-уш» — типичный русский уменьшительный суффикс, который прикрепили к иноязычной основе, чтобы сделать её привычной для русского уха: так же появились фамилии Якушев (от Якуш — Яков), Тимошев.

Географически фамилия плотно привязана к Среднему Поволжью и Предуралью. По данным современных телефонных справочников и архивных записей, большинство Пайдушевых живут в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Самарской областях. Это косвенно подтверждает версию о тюркском происхождении основы: именно в этих краях веками жили рядом русские, татары, башкиры и чуваши, чьи личные имена легко переходили из языка в язык.

Менее вероятна, но возможна версия, что Пайдуш — это прозвище от глагола «пайдать» (диалектное, означающее «падать», «валиться»). В таком случае Пайдушем могли назвать неуклюжего человека или того, кто часто падал. Однако эта гипотеза слабее: глагол редок и не образует устойчивых прозвищ, а тюркская версия объясняет и географию, и структуру основы.

Сословно фамилия не даёт однозначного ответа. Пайдушевы могли быть и крестьянами, и служилыми людьми (например, толмачами или казаками, контактировавшими с инородцами). В документах XIX века встречаются записи о Пайдушевых среди государственных крестьян Казанской и Уфимской губерний. Фамилия не относится к аристократическим, но и не редкая для своего региона — она органично вписалась в местный ономастикон.