Фамилия Пайгушев — редкий пример, где основа, скорее всего, не русская, а финно-угорская, что сразу указывает на географию происхождения: Поволжье, прежде всего территории современной Мордовии, Чувашии или Нижегородской области. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом принадлежности -ев, который присоединили к основе Пайгуш. Если бы фамилия была чисто русской, мы ожидали бы суффикс -ов, но здесь -ев указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий или шипящий согласный, что типично для фамилий, возникших на стыке культур.

Сам корень «пайгуш» с высокой долей вероятности восходит к мордовскому (эрзянскому или мокшанскому) слову, которое в разных диалектах означает «глухарь» или «тетерев». В эрзянском языке «пайгуш» — это именно глухарь, крупная лесная птица. Прозвище Пайгуш мог получить охотник, бивший птицу на току, либо человек, чем-то напоминавший глухаря: глуховатый, важный или, наоборот, обладавший громким голосом (весенняя песня глухаря слышна далеко). В тюркских языках (чувашском, татарском) тоже есть похожие корни, но значение там чаще связано с «криком» или «звуком», что в целом согласуется с птичьей версией.

Морфология фамилии проста: суффикс -ев (вариант -ов после шипящего) превратил прозвище в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — сын Пайгуша. Изначально это было отчество, которое закрепилось за потомками. В русских переписных книгах XVI–XVII веков, особенно на территории Арзамасского и Алатырского уездов, где селилась мордва, принимавшая православие, подобные прозвища нередко записывали в документах, а затем давали фамилию по отцу. Пайгушевы могли быть государственными крестьянами или служилыми людьми «по прибору» (стрельцами, пушкарями) на юго-восточных рубежах Московского царства.

Отдельно стоит сказать, что фамилия не имеет отношения к тюркскому слову «пай» (доля, богатство). Версия о происхождении от «пай-гуш» (богатая птица) — это народная этимология, лингвистически слабая: в тюркских языках «гуш» — это птица, но «пайгуш» как сложное слово не фиксируется. Правдоподобнее смотреть в сторону именно финно-угорского субстрата, где слово живое и имеет прямое зоологическое значение. Сегодня Пайгушевы встречаются в основном в Поволжье и среди диаспор, уехавших в Сибирь и Москву, но фамилия остаётся малочисленной и хорошо сохранившей этнический отпечаток.