Фамилия Паюнен указывает на финское или карельское происхождение. Её основа — слово «paju», что по-фински значит «ива», «верба». Суффикс «-nen» — один из самых распространённых в финской ономастике, он выполняет ту же роль, что и русские -ов/-ев: образует фамилии от названий растений, местности, личных качеств. Буквально Паюнен переводится как «ивовый», но в бытовом значении — «живущий у ив», «с ивовой рощи».

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России. В дореволюционных метрических книгах и переписях Паюнены встречаются в Выборгской губернии, в окрестностях нынешнего Приозерска, а также среди ингерманландских финнов — переселенцев, живших на территории современной Ленинградской области. После советско-финской войны и депортаций 1930-х годов часть носителей оказалась в Карелии и Сибири.

Интересная деталь: фамилия не меняла окончания при переходе в русскую среду. В отличие от многих финских фамилий, которые калькировали или русифицировали (Хяккинен → Хакинов), Паюнен сохранил исходную форму. Это объясняется тем, что суффикс «-ен» на слух воспринимался как вариант русского «-ин», и фамилию не переделывали — просто склоняли по мужскому роду: Паюнена, Паюнену.

Родственные фамилии — Паю, Паюла, Паюсало (salo — «лес»). В Финляндии Паюнен встречается часто, но в России осталась лишь небольшая группа семей, в основном потомков крестьян-отходников из прихода Саккола. Точно сказать, кем были предки — рыболовами, лесорубами или земледельцами — сложно: ива росла везде и не указывает на занятие. Скорее всего, фамилия возникла как топонимическое прозвище: человека называли по месту жительства у ивняка.