Фамилия Паюршин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Паюрши). Основа, Паюрша, — это и есть ключ.

Скорее всего, Паюрша — это прозвище, образованное от глагола «паюрить» или «паурить». В северных и сибирских говорах это слово означает «сильно пахнуть», «вонять», «издавать резкий запах». Прозвище Паюрша могли дать человеку с въедливым запахом (например, рыболову, кожевнику или просто неопрятному человеку), либо, по народной логике, — наоборот, в качестве оберега, чтобы ребёнок не привлекал злых духов.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «паюс» (икра в плёнке). Тогда Паюрша могло быть прозвищем торговца рыбой или икряника. Однако фонетически «паюсный» дало бы скорее Паюсин или Паюсов, а не Паюршин, поэтому версия с «паюрить» выглядит убедительнее.

Суффикс -ш- в основе Паюрша — характерная черта севернорусских и поморских говоров. Такие формы часто возникали от глагольных основ: «вертеть» → «Вертюша», «пахать» → «Пахуша». Паюрша — из того же ряда. Это указывает на возможное бытование фамилии в Архангельской, Вологодской или Пермской губерниях, где «окающее» произношение и такие прозвищные модели были нормой.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто шли от официальных имён, Паюршин — «домашняя» фамилия, закрепившаяся за крестьянской или посадской семьёй. Никаких дворянских корней здесь нет: это прямое прозвище, которое стало родовым именем без посредничества церковного календаря.