Фамилия Пдахотина, вероятнее всего, женская форма фамилии Пдахотина (хотя ударение может падать на второй слог, что типично для фамилий на -ин/-ын). В основе лежит мужское прозвище или нецерковное имя Пдахота. Это слово — один из редких случаев, когда корень не имеет очевидных параллелей в современном русском языке. Скорее всего, оно образовано от диалектного глагола «пдахать» — варианта слова «птахать» или «птахнуть», то есть «дышать с присвистом, тяжело, хрипеть». В северных и сибирских говорах «пдаха» могли называть человека с одышкой, астматика или того, кто говорил с хрипотцой. Суффикс -ота в прозвищах (как в «зевота», «икота») указывает на действие или состояние, так что Пдахота — буквально «тот, кто пдахает».

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -а → притяжательное прилагательное с суффиксом -ин → фамилия. То есть Пдахотины — это потомки человека по прозвищу Пдахота. Географически фамилия крайне редкая. Единичные случаи фиксации встречаются в Вологодской и Архангельской областях, а также в старом списке фамилий крестьян Олонецкой губернии. Это подтверждает севернорусское происхождение: именно там сохранились архаичные диалектные слова, не попавшие в литературный язык.

Вторая версия, менее вероятная, связывает корень с финно-угорским субстратом. В карельском и вепсском языках есть слово «pata» — «горшок, котел», а суффикс -хота мог быть русской переделкой. Но тогда ожидалось бы написание «Патахотина», а не «Пдахота». Звук «пд» на стыке согласных — типичное явление для северных говоров, где редуцированные гласные выпадали (сравните «пшеница» и диалектное «пшаница»). Так что версия с одышкой выглядит убедительнее.

Социальный состав носителей фамилии — почти исключительно крестьянство. Никаких дворянских родов или купеческих династий под этой фамилией не зафиксировано. В переписях XIX века Пдахотины значатся как государственные крестьяне, занимавшиеся земледелием и лесными промыслами. Фамилия не получила распространения за пределами русского Севера и осталась точечной, что делает её своеобразным маркером локальной истории.