Фамилия Пахотин чаще всего — фонетический вариант фамилии Похотин. Такая замена гласной «о» на «а» в безударном положении — обычное дело для русских говоров, где аканье влияло и на письменную фиксацию фамилий. Поэтому, чтобы понять корень, нужно смотреть на исходную форму Похотин, а она восходит к мирскому имени или прозвищу Похоть.

Имя Похоть этимологически связано с глаголом «хотеть». В древнерусской традиции имянаречения такое прозвище могло означать «желанный», «тот, кого хотели». Так могли назвать горячо любимого, вымоленного ребёнка, появление которого ждали с нетерпением. В этом смысле имя Похоть стоит в одном ряду с другими «желанными» именами, которые давали детям как оберег или пожелание. Вторая, более прозаичная версия, — что Похотью прозвали человека с сильным влечением к противоположному полу. Эта трактовка менее лестная, но тоже имеет право на существование, хотя для имени-оберега первая версия правдоподобнее.

Есть и альтернативная гипотеза, которая не связана с «хотением». Она допускает, что в основе лежит имя Пахота — уменьшительная форма от крестильных имён Павел (с латинского «маленький») или Пахомий (с греческого «широкоплечий»). Такое сокращение вполне укладывается в народную традицию: Пахом в быту легко превращался в Пахоту. Однако эта версия выглядит вторичной: если бы фамилия произошла от Пахома, мы бы чаще встречали формы Пахомов или Пахотин от Пахоты, а связка с Похотью объясняет и написание через «о», и последующий переход в «а». Судя по распространённости, именно вариант от прозвища Похоть — основной.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Пахотин — это «сын Пахоты» или «сын Похоти». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на гласную или мягкий согласный. Потомок человека по прозвищу Похоть или с именем Пахота со временем получал притяжательное прилагательное, которое закрепилось как родовое имя. Фамилия не дворянская и не редкая, но и не слишком частая — она встречается в центральной России и в регионах, куда шло переселение, что типично для фамилий, сформировавшихся в крестьянской среде.