Фамилия Пахотинская — женская форма фамилии Пахотинский, и её разбор стоит начать с характерного суффикса. Окончание -ский (в мужском роде) указывает на то, что фамилия образована по географической или топонимической модели. В русской ономастике такие фамилии чаще всего давались по названию местности — села, деревни или усадьбы, откуда был родом человек. Таким образом, предок носительницы этой фамилии, скорее всего, происходил из населённого пункта с названием Пахотино, Пахотинка или Пахотины.

Основа фамилии — «Пахот-» — напрямую связана с глаголом «пахать» и существительным «пахота». В русском языке «пахота» — это вспашка земли, сельскохозяйственная работа. Поэтому корень здесь прозрачный и земледельческий. Фамилии на -ский, образованные от названий деревень, часто принадлежали дворянам, духовенству или служилым людям, которые получали фамилию по месту службы или владения. Однако не менее распространены они и среди крестьян, чьи предки переселялись из одной деревни в другую и получали прозвание по прежнему месту жительства.

Вероятнее всего, топоним Пахотино мог возникнуть от прозвища или фамилии основателя поселения — Пахота, то есть человека, связанного с пахотой, земледельца. В говорах слово «пахота» могло означать не только действие, но и самого пахаря. Сравните с фамилиями Пахотин, Пахоткин — они однокоренные, но образованы по другой модели (с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность «чей?»). Пахотинский же — более поздняя, «географическая» форма, типичная для центральных и южных регионов России, а также для украинских и белорусских земель, где фамилии на -ский особенно часты.

С точки зрения сословной принадлежности, Пахотинские могли быть как мещанами или крестьянами, так и выходцами из духовного звания, где такие фамилии давали семинаристам по названию их родного села. В любом случае, фамилия крепко держится за землю и сельский труд — её носитель в прошлом почти наверняка был связан с пашней либо жил в месте, названном в честь пахарей.