Фамилия Пахотинский образована от аналогичного именования, которое, вероятнее всего, восходит к названию селений Пахотино, Пахотинка и т. Соответственно, именование Пахотинский могло закрепиться за выходцем из местности с подобным названием. Вероятнее всего, название селений связано со словом «пахотина», которое, согласно словарю В. Даля, означает «изгиб, влумина, пазуха», «земля, в которую соседняя входит клином». Также не исключено, что Пахотинским прозвали человека, у которого был участок земли, который называли пахотиной. Так, в документах начала XX века упоминаются: Пахотинский Алексей Дмитриевич (родился в 1892 году в г. Тулуна Иркутской области), Пахотинский Валентин Викторович (родился в 1872 году в Ставропольской губернии), Пахотинский Владимир Гаврилович (родился в 1896 году в Курганской области в с. Крестовка) и др.