Фамилия Пахомский — яркий пример того, как географическая привязка и личное имя могли слиться в одной фамилии. В основе лежит каноническое имя Пахом (от греческого Пахомиос — «широкоплечий»). Но суффикс -ский указывает не на прямое отчество (как было бы с -ов или -ин), а на связь с местностью. Носитель такой фамилии — либо помещик, владевший деревней Пахомово или Пахомовка, либо выходец из такого села. В дворянской среде фамилии на -ский часто давались по названию родового имения, а в крестьянской — по месту, откуда человек переселился.

Исторически земли с названиями вроде Пахомово, Пахомовка, Пахомовский хутор разбросаны по центральной России, особенно в бывших Тверской, Ярославской и Костромской губерниях. Однако фамилия Пахомский встречается реже, чем Пахомов или Пахомовский. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, принадлежали к сравнительно узкому кругу — либо к мелкопоместному дворянству, владевшему конкретным хутором, либо к духовенству, где фамилии на -ский были нормой (семинаристы часто получали их от названия прихода или села).

Если рассматривать духовный вариант, то Пахомский мог появиться как искусственная фамилия, данная выпускнику семинарии по названию храма в честь преподобного Пахомия Великого. В таком случае фамилия несла не столько родовую, сколько символическую нагрузку, подчёркивая принадлежность к церковной среде. В любом случае, Пахомский — не «уличное» прозвище, а фамилия, зафиксированная в документах, что делает её историю более прозрачной.

Словообразовательно фамилия проста: корень Пахом- плюс типичный топонимический суффикс -ск-, окончание -ий. Ударение, по аналогии с большинством фамилий этого типа, падает на второй слог: Пахо́мский. Путать с Пахомовским не стоит — та фамилия образована от названия населённого пункта с суффиксом -овск-, что указывает на более позднюю или иную форму владения землёй.