Фамилия Пахомина — редкий случай, когда женская форма оказалась в центре внимания, а мужской вариант (Пахомин) почти не встречается. В русской фамильной традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Иванов сын → Иванов, а Пахомов сын → Пахомин. Но здесь основа не имя, а прозвище или профессия, что сразу заметно по ударению — Пахо́мина, а не Па́хомина.

Корень восходит к слову «пахом» — так в некоторых русских говорах называли ленивого, медлительного человека или того, кто любит спать. В словаре Даля «пахом» — «соня, лентяй, ротозей». Связь с церковным именем Пахомий (греческое «широкоплечий») здесь вторична: имя давало бы фамилию Пахомов, а не Пахомин. Скорее всего, предок получил прозвище Пахома — за неторопливость или привычку подолгу лежать на печи. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пахомин, то есть сын или дочь Пахомы.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской. Там диалектное слово «пахом» было в ходу, а церковное имя Пахомий — редкостью. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Пахомовы, но Пахомины — единичные записи, что подтверждает прозвищное, а не календарное происхождение.

Интересная деталь: форма Пахомина могла закрепиться в документах, если в семье не было мужчин-наследников, и фамилию передали через вдову или дочь. В современных базах данных эта фамилия встречается в десятки раз реже, чем Пахомов, и почти всегда — женская запись. Так что Пахомина — не просто вариант, а отражение того, как прозвище, данное одному человеку, пережило века в женском роде.