Фамилия Пахоменко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Пахомий. Имя Пахомий в переводе с греческого означает «широкоплечий». Покровителями этого имени считается святой мученик Пахомий, который за отказ принять магометанство был обезглавлен мусульманами в 1780 г. и преподобный Пахомий (IV в.). Поэтому Пахоменко буквально понималось как «сын Пахомия».