Фамилия Пахоменко отвечает на вопрос «чей ты?» и буквально означает «сын Пахомия». Это классическая украинская модель фамилий, где суффикс -енко прикреплялся к имени отца и закреплялся за потомками как родовое прозвание. Подобным образом возникли и Пахомов (русский вариант), и Пахомович (белорусский), но именно форма с -енко указывает на территорию современной Украины, где такой способ словообразования стал господствующим уже в XV–XVII веках.

В основе лежит крестильное имя Пахомий. В греческом языке оно звучало как Пахомиос и, по распространённому толкованию, значило «широкоплечий». Имя попало в святцы через христианскую традицию: его носил преподобный Пахомий Великий, египетский подвижник IV века, считающийся основателем общежительного монашества. Позже в церковном календаре появился и другой святой с этим именем — мученик Пахомий, по преданию казнённый в 1780 году за отказ принять магометанство.

Надо понимать, что в народной среде имя не всегда осмыслялось через греческую этимологию. Для крестьянской семьи Пахом — просто имя, которое давали при крещении, а фамилия Пахоменко закрепляла принадлежность к роду конкретного Пахома. Поэтому искать в каждом носителе фамилии «широкоплечего» предка не стоит: прозвищный оттенок здесь вторичен, главное — отчество.

Интересная деталь: имя Пахомий в украинской традиции часто сокращалось до Пахом, а в разговорной речи могло звучать как Пахомко. От этой уменьшительной формы тоже могли образоваться фамилии — например, Пахомченко. Так что Пахоменко и Пахомченко стоят в одном словообразовательном гнезде, хотя и разошлись по написанию.

Сословных ограничений у фамилии не было: её носили и казаки, и крестьяне, и мещане. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках перестал быть признаком только простого люда и распространился широко, поэтому по фамилии нельзя уверенно судить о социальном положении предков. Сейчас Пахоменко встречается по всей Украине и в русскоязычных регионах, куда фамилия попала вместе с миграциями.