Основой фамилии Пахотина послужило мирское имя Пахота. Фамилия Пахотина представляет собой фонетический вариант фамилии Похотина, которая восходит к мирскому имени (или прозвищу) Похоть. Именование Похоть этимологически связано с глаголом «хотеть». Вероятно, такое имя дали горячо любимому, желанному ребёнку, то есть тому, чьего появления на свет хотели. К подобным именам может относиться и имя Похоть. Также возможно, что Похотью прозвали человека, имевшего сильное влечение к женщинам. Не исключено и то, что в основе фамилии Пахотина лежит имя Пахота, которое может представлять собой уменьшительную форму имени Павел (в переводе с латинского означает «маленький») или Пахомий (от греческого «широкоплечий»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пахота, со временем получил фамилию Пахотина.