Фамилия Пахотов построена по модели «профессия + -ов», самой распространённой в русском ономастиконе. Основа здесь прозрачна: пахота, пахать. Пахотов — потомок того, кто занимался земледелием, пахал землю. Однако за этой простотой скрывается неочевидная деталь: в древнерусском языке слово «пахота» и производные от него обозначали не только вспашку, но и само вспаханное поле, пашню. То есть прозвище Пахот могли дать не просто крестьянину, а владельцу или арендатору конкретного участка земли.

Интересно, что фамилия Пахотов встречается заметно реже, чем Пахарев или Пахарь (от «пахарь»). Причина — в суффиксе. Форма «Пахот» (с суффиксом -от-) могла быть не только профессиональным прозвищем, но и прозвищем-характеристикой: так называли человека медлительного, основательного, «тяжелого на подъем» — словно он сам сродни пахоте. В говорах северных и центральных губерний слово «пахота» иногда означало «тяжелая работа», «муторное дело». Поэтому не исключено, что Пахотовым в некоторых случаях становился не земледелец, а просто человек, который «пахал» на тяжелой работе, не зная отдыха.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и среднерусским областям — Рязанской, Тамбовской, Воронежской губерниям. Там же встречаются однокоренные Пахотины и Пахоткины, но Пахотов — самая «прямая» форма, без уменьшительных или притяжательных суффиксов. В писцовых книгах XVII века пахотные крестьяне часто записывались без фамилий, по отчеству, и фамилия Пахотов, скорее всего, оформилась уже после отмены крепостного права, когда бывшим крестьянам массово давали фамилии по роду занятий.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с Плуговым, Сеятелевым, Косовым — все они образованы от орудий или действий сельского труда. Но Пахотов выделяется тем, что называет не инструмент (плуг, соха) и не человека (пахарь), а сам процесс или его результат. Это более абстрактное, обобщающее прозвище, которое могло закрепиться за целым родом земледельцев.