Фамилия Пэдер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно русскими корнями. Скорее всего, перед нами фамилия, принесённая в Россию переселенцами из Прибалтики, Финляндии или Германии. В русском языке сочетание «Пэ» с твёрдым «э» — нетипично, что сразу указывает на иноязычную основу.

Наиболее вероятная версия возводит фамилию к немецкому или скандинавскому имени Петер (Peter). В диалектах немецкого языка, особенно нижненемецкого, имя Peter могло произноситься как «Пэдер» (Peder). В этом случае фамилия — это патроним, то есть имя отца, перешедшее потомкам в неизменной или слегка адаптированной форме. Подобная модель образования широко распространена в Северной Европе: в Швеции, Норвегии, Дании и у балтийских немцев фамилии на -er часто образовывались от личных имён.

Второй вариант — эстонские корни. В эстонском языке фамилия Päder (или Peder) встречается, хоть и не массово. Она могла произойти от диалектного слова «päder» — так в некоторых говорах называли можжевельник. Прозвище по растению мог получить человек, живший у зарослей можжевельника, или же тот, кто занимался заготовкой его древесины.

Обратите внимание на написание: фамилия Пэдер пишется через букву «э», а не «е». В дореволюционной России и в первые десятилетия советской власти такое написание могло закрепиться при паспортизации, если носитель сам так произносил свою фамилию или если её записывали со слов приезжего немца, прибалта или финна. Встречаются и варианты Петер, Педер, Пэдер — это одна и та же фамилия в разной передаче.

Сословной принадлежности у фамилии нет: её могли носить и прибалтийские ремесленники, переселившиеся в Петербург, и обрусевшие немцы, и крестьяне из Эстляндии. В современной России фамилия остаётся штучной, её носители живут в основном в северо-западных регионах и крупных городах.