Фамилия Пегахина — женская форма фамилии Пегахин, и её ключ к разгадке лежит в основе «пегах». Слово это в русских говорах встречается редко, но имеет вполне конкретное значение: так называли человека с неровной, шершавой кожей, покрытой струпьями или лишаями. В словаре Владимира Даля «пегах» — это «паршивец, шелудивый». Прозвище, прямо скажем, не из лестных, но в крестьянской среде, где телесные недостатки и болезни были обычным делом, его давали без злого умысла — скорее как констатацию внешнего признака.

Модель образования фамилии — типичная для северных и центральных губерний России. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Пегахин буквально означал «сын Пегаха» или «человек из рода Пегаха». Подобные фамилии часто возникали от прозвищ, а не от крестильных имён, и закреплялись за одной семьёй или ветвью рода. В отличие от фамилий на «-ов», которые преобладают на юге и востоке, «-ин» — маркер более древних новгородских и псковских земель, хотя позже распространился шире.

Стоит отметить, что в основе могло лежать и диалектное слово «пега» — так в некоторых говорах называли пёструю, рябую корову или лошадь. Тогда прозвище Пегах мог получить человек с пёстрой внешностью (веснушчатый, с сединой в бороде) либо тот, кто ухаживал за пёстрым скотом. Эта версия менее вероятна, так как суффикс «-ах» чаще образует прозвища от личных качеств, а не от масти животных, но полностью её исключать нельзя.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она не фиксируется в массовых списках дворянских родов или купеческих гильдий — её носители, скорее всего, были крестьянами или однодворцами южных губерний, куда переселенцы из центра принесли свои прозвища. Ударение в фамилии, судя по аналогиям (Пега́хин), падает на второй слог, хотя в бытовой речи возможны варианты. Сегодня Пегахины встречаются в основном в Поволжье и на Урале — там, куда в XVIII–XIX веках шли потоки переселенцев из обжитых районов.