Фамилия Пегиря — редкий случай, когда в основе прозвища лежит не внешность, а характер, причём с отчётливой местной окраской. Скорее всего, она образована от молдавского или румынского слова «păgâr», что означает «упрямец», «несговорчивый человек», или от «păgârău» — «своенравный», «капризный». В русском языке это слово не встречается, поэтому версия о молдавском корне — основная. Если же отталкиваться от украинского диалекта, то «пегір» могло означать «пёстрый» (от «пегий»), но тогда фамилия звучала бы как Пегир или Пегирев. Форма на -я — Пегиря — характерна для украинских и молдавских фамилий, где суффикс -я указывает на принадлежность: буквально «сын (или человек) упрямого».

География фамилии подтверждает эту версию. Пегиря встречается в основном на юго-западе России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Молдове и Приднестровье. Это зона, где веками смешивались славянское и романское население. Предок носителя фамилии, вероятно, был человеком с непростым нравом — либо его так прозвали за упрямство, либо он сам носил прозвище, которое потом закрепилось за его потомками. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые часто указывают на профессию или отчество, Пегиря — прозвищная фамилия, не связанная с ремеслом.

Словообразовательная модель проста: корень «пегир-» + окончание -я, характерное для украинских фамилий (например, Головня, Шкребтя). В русской традиции такое окончание встречается реже, обычно у фамилий, пришедших из других языков. Примечательно, что фамилия не имеет «облагороженного» варианта с суффиксом -ов или -ев — она сохранилась в исходной форме, что говорит о её позднем закреплении (скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам начали массово давать фамилии). Это не дворянский род, а фамилия простого человека, прозвище которого оказалось настолько цепким, что пережило века.

Если искать аналоги в русских фамилиях, то ближе всего стоят Пегин (от «пегий» — пёстрый) и Пегасов (от «пегас» — конь с пятнами), но Пегиря стоит особняком. У неё нет однокоренных «братьев» в русском языке, что лишний раз подчёркивает её иноязычное происхождение. Для носителя фамилии это означает одно: его предки жили на стыке культур, и упрямство, возможно, было их семейной чертой, закреплённой в имени.