Фамилия Пекчеркин — редкий случай в русской ономастике, где прозвищная основа, скорее всего, пришла из тюркских языков. Если разбирать её по модели, то суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пекчеркин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пекчерка. Само слово «пекчерка» в русских говорах не зафиксировано, зато есть близкое тюркское «пекче» (или «бекче») — «стражник», «хранитель», «привратник». В тюркских языках «бек» — князь, господин, а «-че» — уменьшительный или профессиональный суффикс, так что «бекче» могло означать «младший стражник» или «помощник бека». Фамилия Пекчеркин могла возникнуть в среде служилых татар или в русско-татарском пограничье, где такие прозвища давали людям, нёсшим сторожевую или охранную службу.

Версия с чисто русским корнем слабее. В некоторых диалектах «пекча» или «пекчеря» — искажённое «пекарь» или «пекло», но это маловероятно: суффикс -ерк- нехарактерен для русских прозвищ от ремёсел. Обычно пекарей называли Пеков, Пекарев, Пекшин, а не Пекчеркин. Поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается точечно, в основном в Поволжье и на Урале — в регионах, где веками жили татары и башкиры, а также русские, перенявшие тюркские прозвища. В дореволюционных метрических книгах Пекчеркины изредка попадаются среди крестьян Казанской и Пермской губерний. Сословной элиты среди них не было — это, скорее всего, потомки рядовых служилых людей или вольных переселенцев.

В написании важно не путать с фамилией Пекчеров — та образована от той же основы, но с другим суффиксом. Пекчеркин же сохранил редкий формант -к- в середине, что делает фамилию более архаичной и конкретно прозвищной. Если ваш предок носил это прозвище, он мог быть тем самым «бекче» — невысоким по статусу, но надёжным сторожем или привратником в каком-нибудь остроге или на заставе.