Фамилия Пекпаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, придётся отбросить привычные модели русских фамилий и обратиться к языкам народов Поволжья и Урала, прежде всего к марийскому и удмуртскому.

Основа фамилии — слово «пекпай» или близкое к нему. В марийском языке «пек» может означать «крепкий», «сильный», а «пай» — «доля», «часть» или «счастье». Таким образом, Пекпай — это, скорее всего, дохристианское личное имя со значением «крепкая доля» или «счастливая часть». Такие имена были распространены у марийцев и удмуртов до массовой христианизации, их давали с пожеланием ребёнку удачной судьбы. Фамилия образована по русской модели: к основе Пекпай добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Получается: «Пекпаев» — сын Пекпая.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «пек» — «очень», «сильно», а «пай» — «богач», «господин». Тогда Пекпай — прозвище «очень богатый» или «большой господин». Но эта гипотеза слабее, потому что в тюркском мире такие сложные имена встречаются реже, а в финно-угорской среде — сплошь и рядом.

Географически фамилия Пекпаев почти наверняка привязана к территории современной Марий Эл, Удмуртии или Кировской области. Именно там, в зоне контакта финно-угорских и русских традиций, возникали подобные фамилии: марийское имя плюс русский суффикс. Носители Пекпаевых, скорее всего, были крестьянами-земледельцами или охотниками, а их предок носил редкое имя-пожелание, которое и закрепилось в роду.

Сравните с однокоренными фамилиями, построенными по той же схеме: Пекшеев (от марийского имени Пекшей — «крепкий парень»), Пектубаев (от марийского Пектубай — «крепкий дуб»). Все они — свидетельство того, как русская фамильная формула накладывалась на местную именную традицию. Фамилия Пекпаев — один из таких следов, сохранивший звучание языка, на котором говорили предки несколько веков назад.