Фамилия Пеккаев — один из тех редких случаев, когда корень слова не славянский, а финно-угорский, а фамилия при этом давно обрусела. Основа «Пекка» восходит к карельскому или финскому имени Pekka — это народная форма от греческого имени Пётр, означающего «камень» или «скала». В Карелии и соседних областях имя Пекка было широко распространено, и именно от него через типичный русский суффикс -ев образовалась фамилия. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Пеккаев буквально значит «сын Пекки» или «потомок Пекки».

Модель образования здесь необычна тем, что финское имя получило русское патронимическое окончание. Это типично для регионов, где русская культура долго соседствовала с прибалтийско-финской: в Олонецкой губернии, на территории современной Карелии, а также в Архангельской и Вологодской областях. Носители фамилии Пеккаев — это, скорее всего, потомки карелов или вепсов, которые перешли в православие и получили фамилию по имени отца, но сохранили свой исходный именник. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются у великорусов, Пеккаев закрепился именно в северных диалектных зонах.

Встречается и альтернативная, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «пекка» — так в некоторых говорах называли пекаря или человека, занятого выпечкой. Но эта гипотеза слабая, ведь слово «пекка» в таком значении не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров, а вот финское имя — факт хорошо известный. Поэтому основная версия — от имени Пекка.

С точки зрения социального контекста, Пеккаевы в XIX веке чаще всего были государственными крестьянами или приписанными к заводам на севере. Фамилия не дворянская, не купеческая, а народная, крестьянская, что подтверждается её географией: большинство записей о Пеккаевых в метрических книгах XIX века приходится на Олонецкую губернию, особенно на Повенецкий уезд. Сегодня фамилия редкая, но её носители встречаются не только в Карелии, но и в других регионах России — результат миграций XX века.